2025年亞洲划船錦標賽10/16至10/19在越南海防舉行，但代表隊選拔發生女子組名單換將與量級認定爭議、男子組未完整執行交叉配艇選拔等情況，運動部主動介入關切，中華民國划船協會稱是由於全國運動會造成選手歸建無法完整選拔才授予外籍教練權限自行組訓。運動部認為尚有精進空間，將持續與協會、選手溝通。
中華民國划船協會指出，選手為代表各縣市備戰全國運動會，多數配合母隊移訓，使亞錦賽培訓隊外籍教練無法完整實施選手交叉配艇選拔，且為利於在亞錦賽爭取名古屋亞運參賽資格，因此協會予教練自行遴選選手組訓權責。
運動部表示，公平透明選拔制度是運動發展重要基礎，協會予以教練「自行遴選組訓」有精進空間，將請協會及選手說明，促進雙方充分溝通，以釐清事實並尋求改善共識，也要求協會去了解亞錦賽報名相關應變機制。
有關選拔爭議，運動部強調，制度透明是運動發展的基石，所有運動員的努力應獲得公平、公正對待，保障選手能在健全制度下專心訓練與比賽。運動部將持續監督、協助協會完善流程，確保類似情況不再發生。